すでに回答がついていますが。
質問文を読み飛ばして回答されている方もいらっしゃるようなので。
JR線の切符のルールでは
「グリーン車などの特別車両に立ち入る場合には、専用の乗車券が必要」
となっています。
ご質問のように、グリーン券なりグランクラス券がある場合は、座席を利用せずにその車両のデッキで過ごしてもかまいません。
もちろん座席がある車内で席に座らずにいるのも悪くはないでしょうが、おそらく車掌に乗車券なりの提示を求められ、それが適切であれば、本来はおとがめなしですが、車掌にやんわりとグランクラスのsi底座席に誘導され、着席するように指示されるでしょう。
応じない場合は、デッキの利用をおすすめされるかもしれません。
とりあえず参考までに。
