台湾を中国が自国の領土だと主張していますがそれならどうして今、中国から台湾に行くのにパスポートがいるのですか？敵対してるのですか？

特別行政区扱い(行政政府が別)だから。台湾人のパスポートは台湾政府が発行、香港人のパスポートは香港政府が発行、マカオ人のパスポートはマカオ政府が発行。

そして中国から香港マカオに行くのもパスポートは必要。