設定→名前→ iCloud→写真
ここの画面で、状況の欄が「同期中…」の場合
同期処理が途中で、完了していません。
その様な場合、転送の途中のため、
iphoneで写真を削除しても iCloudからダウンロードされたり、iCloudから削除しても iphoneから送信されたり、変なことが起こります。
削除するなら、状況の欄が「同期:たった今」「同期:〇〇分前」となってる状態で写真アプリで削除します。
ちなみに、iCloud.comにログインして画像を直接削除すると写真の枚数がおかしくなり、どれが正しいのかわからなくなるためお勧めしません。