乗換案内の新幹線や有料特急をオンにすると全面的に乗る時刻を提案してくるのですが、同じ時刻でもなるべく乗らない乗り換えを案内してくれる調べ方はたりますか？

ジョルダンの乗換案内だと、有料特急は「ひかえる」の設定が可能です。

あと、経由駅を指定するときに「経由駅に停車する」オプションも設定できるので、特急が停車しない駅を経由駅に設定すれば除外できます。