インフルエンザでは、法律によって、発症後5日を経過して、かつ、解熱後2日を経過するまでは、他に感染の恐れがあるため、出席停止などの措置をとるのが普通です。
学校によって、出席停止や公欠制度をとらない学校もあります。
出席停止を採用する学校では、出席停止期間中は欠席日数にカウントしないのが普通の対応ですが。出席すべき日数にはカウントしないので、出席日数の不足による留年はありえます。
不足分をあとで補講してくれる学校もあります。
学校によって対応が違いますから、学校に聞かないと、実際にどうしているのかはわかりません。