ノイズフィルターの配線において、一次側と二次側の相の対応が正しく保たれていれば、基本的にどの端子にどの相を接続しても電気的には問題ありません。
ご質問の例：
・3番-6番でR相
・2番-5番でS相
・1番-4番でT相
この接続方法で問題ない理由：
・ノイズフィルターは各相を独立して処理するため、相順序が一次側と二次側で一致していれば機能します
・重要なのは「入力側のR相が出力側のR相に対応する」という関係性です
ただし、以下の点にご注意ください：
・メーカーの取扱説明書で端子配置が指定されている場合は、それに従うことを推奨します
・保守性の観点から、一般的な配線ルール（例：上から順にR-S-T）に従うと、後の点検作業が容易になります
・相回転方向（R-S-T）が負荷側で重要な場合は、一次側から二次側まで相順序を統一する必要があります
・接続後は必ず相順序と絶縁抵抗を確認してください
配線図や施工要領書がある場合は、それらも併せてご確認ください。
