別にどこに乗ろうが自由です。
ただ、その通りに乗れば階段が近くにあって便利だね、というだけの話です。
御器所駅は桜通線への乗り換え通路がホームの一番端っこ（赤池・豊田市方面の電車なら一番後ろ）にあるので、一番前にいたら6両編成と同じ距離を歩くので大変です。
桜通線のほうがどこで降りるのかわかりませんが、その表記なら一番後ろです。
ちなみに、鶴舞線赤池・豊田市方面から桜通線の通路を降りた場所は、5両編成の一番前の場所になるので、一番後ろに乗りたいなら5両編成分の移動が必要です。
公式サイトを見ればなんとなくわかると思います。
図がすごくわかりやすいです。
https://www.kotsu.city.nagoya.jp/jp/pc/SUBWAY/station_campus.html?name=%E5%BE%A1%E5%99%A8%E6%89%80
