ファミリーマートのアプリクーポンの◯◯円引きの差額分をFamiPayやVポイントを使って支払うことはできますか？

できます。

先に利用するVポイント数を指定して残りをFamiPayで支払うことができます。

さらに不足する場合は現金を足せば支払えます。