全国規模で活動する宗教法人の「異動」（設立、合併、解散、規則の変更など）に関する行政事務は、原則として文部科学省が所管しています。
具体的には、文部科学省の文化庁宗務課が、これらの宗教法人に関する事務を担当しています。
所轄庁（異動届出先）の判断基準
宗教法人法では、その活動規模に応じて所轄庁が以下のように定められています。
文部科学大臣が所轄庁となるケース:
他の都道府県に境内建物（礼拝施設など）を備えている宗教法人。
複数の宗教法人を包括する宗教法人（宗派、教団など）。
他の都道府県にある宗教法人を包括している宗教法人。
都道府県知事が所轄庁となるケース:
主たる事務所と境内建物が同一の都道府県内にのみ存在し、他の都道府県に施設を持たない宗教法人。
ご提示いただいた法人の所轄庁
ご質問に挙げられた「阿含宗」「幸福の科学」「真如苑」「念法眞教」「創価学会」「顕正会」はいずれも全国規模で活動し、複数の都道府県に施設を持つか、傘下の法人を包括しているため、所轄庁は文部科学大臣（文化庁）となります。
これらの法人が規則の変更（名称変更、目的変更など）や合併、解散といった「異動」を行う場合、文化庁への書類の届出や認証手続きが必要となります。
宗教法人の運営管理に関する詳細は、文化庁のウェブサイトで確認できます。
ちなみに世界心道教というものがあります
参考になれば幸いでございます
