「ここを見て、偽と判定をしてる」は、機密事項なので仕様が表に出ることはありません。 なので、根本的なところは不明です。
判断に利用される箇所だけ精密に真似されちゃいますからね。
質問者様の言われるとおり、濡れや、しわくちゃの汚れでダメはあるあるですね。
自販機だと、千円札でどうにもならないことも経験としてあります(汚れも、シワも目立たないし、パット見綺麗でも....なぜ?!)。
で、汚れで目立たないけど、偽札か判断をしてる何箇所かが、油脂成分が付着をしてるとダメな事があるので、何箇所か複合的に見る中で”しきい値”を超えてエラーなのでしょうね。
手荒れ防止のクリームや軟膏とか塗った直後に札を触っているとか。
どうにもならないと言えば、それまでですが、しっかり伸ばす、気休めでもホログラムの箇所を擦ってみるとか.....
定期的な機器のメンテナンスはしてるでしょうけど、頻繁に繰り返すようなら、機器の確認・メンテナンスですね。