私が使っているのは、ブラザーでも MFC-J6980CDW なのですが、ソートコピーを使ったとしても、逆順になってしまいます。
マニュアルにもわざわざ
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コピーは読み取った順に上向きで排出されるため、複数部のコピーをする場合、最後に読み取った原稿のコピーが一番上になります。したがってソートコピー機能を使って大量の部数のコピーを作成するときは、できあがりを逆順に入れ替える手間を省くため、あらかじめ元になる原稿を逆順にしておくことをお勧めします。
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と説明があります。
おそらくですが、あなたがお使いのMFC-J7300CDW でも同様に上向きに排出され、最後に読み取った原稿のコピーが一番上になる状態なのだと思います。
そしてこの点の改良がなされていないのであれば、回避策として、いったんスキャンしPCに保存後、このPDFファイルを逆順で印刷(これはプリンタのプロパティにあると思います。また既定でオンになっていると思われます。)することが考えられます。