肌荒れやニキビはショックですね。
体質によって合う合わないはあるので、ホエイプロテインをやめるのはアリだと思います。
解決策としては、
① プロテイン自体やめて、食事からタンパク質を摂るようにする(栄養バランスが整いやすくプロテインが肌荒れの原因かも分かるので一番おすすめ)
②ソイプロテインやピープロテインに変える(比較的肌トラブル少なめ)
③ホエイでもアイソレート(WPI)に変える(乳糖少なくてマシなことも)
まずはプロテインをやめて食事を改善し、それでもどうしてもタンパク質が足りない場合には補助的にソイプロテインやピープロテインを取り入れると良いと思います。
例えば、納豆・卵・豆腐の味噌汁・鶏ハム100g・鮭一切れ・スキムミルク大さじ1・ブロッコリー50gで、タンパク質約60gになります。
私は「プレミルスキム」というスキムミルクを飲み物に溶かして飲んでるんですが、低脂質高タンパクでカルシウムも取れるし吸収スピードが早いのでおすすめです。
ソイプロテインの粉っぽさが苦手なら、アイソレート(分離タイプ)がおすすめです。
例えば、マイプロテインのソイプロテインアイソレートやピープロテインアイソレートは、比較的粉っぽさがなく飲みやすいです。
https://www.myprotein.jp/p/sports-nutrition/impact-soy-protein/10529701/
https://www.myprotein.jp/p/sports-nutrition/impact-pea-protein/10530136/
ソイプロテインやピープロテインを飲む場合、タンパク質が植物性に偏らないようにすると良いですね。