ブレマイのパズルが苦手なので、イベントでループ機能を使ったのですが、普通にゲームオーバーになりました。そのステージは自分でクリアしたことがあったのですが、ループ機能というのはあくまでとりあえずピースを動かしてくれるってだけなのでしょうか？

そうですよ〜
A面ループであればゲームオーバーになることはないです
B面は編成とスキルを上手く使えばループ＆SS可能です
例えばですがB面クリア条件が青ピース60個の場合、
リーダースキルを青ピース生成or青ピース消去にし
オートスキルをシャワー2or3、コンボかスコアを持ってくるとか

B面はナイス数すごく溜まるし、箱イベの際にはポイントの取得数も最大値取得できるので
ループでSS取れるものを探しておいた方がいいです