ニュートンが晩年研究したのは、神学ですか？それとも、聖書学ですか？

主に神学です。
ニュートンは晩年、キリスト教の教義や神の存在、教会史などの神学的な問題に強く関心を向けました。その中で、ダニエル書やヨハネ黙示録の解釈、聖書の年代や歴史の整理といった聖書の読み解きも大量に行っています。
ただし「聖書学」という近代的な学問分野として体系化された研究というより、信仰と教義の探究の一部としての聖書解釈だった、と考えるのが近いです。