法律上問題ないと思います。
あれって先天的又は後天的に持つ異能って話でしょう?
それって超能力とか、筋骨隆々とかとさして変わらないかと。
なんでその能力自体に法律上規制されることは存在しないが、その能力の行使により発生する事象については法律の定めるところによる罰を受ける対象となります。
例えば、放たれたコインが当たって怪我をすれば傷害、殺意があれば殺人未遂などです。
”金充”刀法上として考えても、御坂美琴という『人間』自体を『”金充”』(この場合は電磁石”金充”)として解釈するのはかなり厳しいものがあると思います。
また、御坂美琴のレールガンを可能にする要因は発電能力ですから、その能力の行使自体が電事法あたりに触れる可能性はありますが、そもそもこれについても御坂美琴は『電気工作物』ではないので問題ないでしょう。
このように能力の行使自体が個別の法律に引っ掛かりそうでも、大概は『法律で規制を受けるもの』と『それを使用する人』というふうに分かれるので、規制されないと思います。
まぁ常識の異なる世界のフィクションを現実の法律で当てはめようってのが無理があるのでしょうけど。