特別区が分かりやすい、という程度だと思います。趣旨としては二重行政の解釈であり、実際のところ現行の制度ではそれは特別区しか存在しないので。
吉村代表的には同じことができれば特別区じゃなくてもいいんでしょうけど、新たに制度を作っていくと何年も追加で時間がかかってしまう日本の政治改革の遅さを心配しているようです。
市に副首都の権限が与えられると、上の立場であるはずの府県よりも市が強くなり権限が逆転してしまうことがあります。市と府県の政党が未来永劫同じで喧嘩せず仲良く行政が運べるなら良いですが現実的にはそんな保証はありません。二重行政を解消できない状態で市に副首都の権限を与えるのは府県との権限バランスやその他の市町村にとってのリスクでもありますから、現行の制度で解消するとなると特別区になります。