正当防衛そのものは、基本的に影響しません。
正当防衛が成立するかどうかは、「急迫不正の侵害があったか」「防衛のためにやむを得なかったか」「やり過ぎ(過剰防衛)ではないか」といった、身を守る行為の時点の事情で決まるからです。相手が死んだあとに何をしたかは、正当防衛の要件とは別問題になります。
ただし、死体を第三者の犯行に見せかける偽装工作をすると、別の犯罪として処罰対象になり得ます。典型的には、証拠隠滅や犯人隠避、死体遺棄などが問題になります。また、偽装のせいで「本当に正当防衛だったのか」が疑われやすくなり、捜査や裁判で不利に扱われる原因にもなります。