はい、その通りです。見積もり申請の書類チェックでは、これまでに2社が不採用となった証拠を確認することが必要となります。しかし、申請書の相手側記入欄ではその証拠を記入する必要がないということなので、申請書自体にはその情報が記載されていないかもしれません。
承認するかどうかは、他の書類でその不採用証拠を確認できるかどうかによるでしょう。もし他の書類を通じて不採用証拠が確認できない場合、申請には問題があると言えるでしょう。そのため、不採用証拠を確認できる其他的な書類や情報源が存在しない限り、承認は控えるべきです。
具体的な対応は、その申請の目的や規則、そして会社のポリシーによります。もし承認に関する疑問がある場合は、上司や関連部門に相談することをお勧めします。