対案を出さずにただ除外するだけなら反発すると思います。
大阪府・市としては特別区が「最も制度的に安定性がある」としているので特別区を必須とはしていませんが、将来のことを考えて安定した制度にすることにはこだわると思います。なので特別区じゃないならその代案は求めてくるでしょう。
大都市法では特別区が設置できるのは政令市を含む人口200万人以上のエリアと決まっているため、現在では横浜市、大阪市、名古屋市、札幌市、福岡市など限られた地域のみが副首都構想の対象となってしまいます。これらの市ありきの副首都構想では野党の賛同が得られないため、特別区を必要要件から除外することが考えられています。
なので特別区を除外して代案を出すか、大都市法を改正して200万人以上の要件を緩和してもっと多くの地域が副首都に名乗りを上げられる仕組みに変えるなど、野党から賛同を得るためには何か変更は必要になってくるんじゃないでしょうか。