ハピタスでトラッキング許可をしていなかった場合、判定中にならなかった場合、ハピタスに問い合わせをすればポイントはもらえますか？

基本的に無理だと思います。

それを許可しないとユーザーのログとか特定ができないのでハピタス側も「ほんとにしたの？わからないから無理」

と言われると思います。