ワードのIMSというのが何か分からないので、それは別にして、ATOKについては変換候補などのフォントを変更したいということなのでしょうか。
ATOKのプロパティで、[入力・変換]ー[候補ウィンドウ]の「表示フォントを固定する」をオフにしておき、一太郎で入力しようとしているフォントが「筆文字風のフォント」の場合は候補ウィンドウもそのフォントで表示はされます。
しかしながら現在のATOKで「筆文字風のフォント」に固定することは出来ません。(以前のバージョンでは出来たように思いますが、記憶が定かでありません。)
なので出来ないのに紹介する意味がないです。
ワードのIMSというのは、何かIME関連のものだろうと想像していますが、同様ではないでしょうか。