法人は出費がかさみます。
設立に30万。毎年の決算費用(税理士顧問料)が約50万ずつ。いつか会社を閉めるときにも30万。役員登記(任期を終えて再任)2年おきに1万円+司法書士代(自分でやるなら浮く)。体を壊して休業しても法人が存在しているなら毎年7万の法人住民税がかかる。社会保険料が高い。など色々と法人は費用がかかります。あとは事務的に個人事業主よりは多少手間がかかります。
なので、FC加盟して売上・利益が増えて、個人事業主のときよりも手取りが増えるのであればそれ以外の大きなデメリットはないです。