どちらにせよ非正規という事には変わりありませんが、改造というよりはバグ産個体ですね。
初代及び金銀では個体値が特定の値になった時だけ色違いになる仕様になっています(攻撃が2、3、6、7、10、11、14、15のいずれか、防御素早さ特殊が全て10になった時に色違いになります)
そしてVC初代で配布されたミュウは4F……全部の個体値が15(今でいう6V)固定になっています。
この2個の条件が重なった結果、VC初代配布ミュウは絶対に色違いが出ないという仕様になっているのです。
ただ初代にはバグで個体値や親名、IDを変更する方法があるので、それで個体値を弄った個体だと推測されます……
