It's time S + Vの過去形ではbe動詞の時はwereですか？それとIt's time の後の文は直説法ではなく仮定法だけですか。

基本的に仮定法過去が来ます。

この I や he が主語の時の were は口語ではほぼ was になる、という以上に was とするというので確立しています。

文法書や辞書によっては仮定法とせず、普通の過去形となっています。

学校や塾でも（直説法）過去と教えることが多いです。