可能ですが、相手（振込側）が応じるかと、税務や社内規程上の扱いに問題がないかがポイントです。
請求書の名義が「会社」なのに振込先が「代表者個人」だと、振込側は経理処理で不自然になり、社内規程や監査の都合で断られることが多いです。また税務上も、会社の売上なのに個人が受け取った形になると、会社と個人のお金が混ざって見えて説明が必要になります（役員借入金や立替などの処理が必要になることがあります）。
どうしても個人口座にしてもらうなら、取引先に事前に了承を取り、請求書や別紙で「振込先は代表者個人口座、会社の受領口座として使用している」などの説明と、名義（代表者名）を明記しておくのが無難です。できれば会社名義の口座を振込先にするのが一番トラブルが少ないです。
