106万円の基準と、扶養判定で見る130万円の基準は別です。
106万円のほうは、勤務先の規模や労働時間、賃金などの条件で社会保険加入を判断するもので、交通費は通常含めません。
一方、扶養に入れるかどうかの130万円基準は、2社分の収入を合算して見られます。
ただし、交通費を含めるかどうかは加入している健康保険の扱いによって異なることがあるため、一律に「2社分の交通費も必ず全部含める」とは言い切れません。
つまり、106万円と130万円では見方が違い、ダブルワークでは2社分の収入全体で判断されますが、交通費の扱いは会社や健康保険組合に確認するのが確実です。