実力勝負とはまさに「その分野の実力」です。
理系と言ってもなんの分野なのかによって全く違いますよね。
まずはざっくりと「大学の成績とか研究内容など」と考えてよいのではないでしょうか(ようは教授からの評価)。
就職ということなら企業それぞれがほしい人材かどうかが「その分野の実力」になるので、例えばIT系なら当然プログラミングやらインフラの知識となるでしょうし、モノづくりや化学メーカーならそれぞれですよね。
大きな企業なら入ってから教育する(育てる)余力があるので、まずは大学で足きりがあって面接やら書類での評価になると思いますよ。