伊勢神宮については、天皇の祖先を祀る最高の聖域とされたため、神宮の純潔を保つという名目で、仏教的な要素を徹底的に遠ざけることが行われています。
具体的には、つぎのようなことが行われています。
○僧侶の参拝制限~僧侶が僧衣のまま参拝することは許されず、献上品に仏教に関わるものが混じることも厳禁されていました。
○忌詞(いみことば)~仏教用語が禁止され、「仏」を「中子(なかご)」、「経典」を「染紙(そめがみ)」などと呼んでいました。
しかし、神仏習合が当然だった江戸時代、爆発的に広まった「お伊勢参り」を支えた御師たちは、仏教的な祈祷や教義を織り交ぜて伊勢の信仰を全国に広めました。ですので、本地垂迹説の考え方により、内宮の天照大御神は大日如来であると解釈され、広められました。
明治に入り、御師の制度は廃止されました。また、全国の神社も神仏分離がなされました。
伊勢神宮の過去からの歴史を理解すると、寺院の御朱印帳に伊勢神宮の御朱印をいただくことは不適切です。神社用の御朱印帳に押してもらってください。