はい、Instagramで他の人のストーリーにコメントすると、そのコメントはアクティビティ(Activity)に残ります。アクティビティセクションでは、あなたがしたコメントやいいねなどの最近のアクティビティを確認することができます。
また、後から自分で見返すこともできます。自分のプロフィールページから「アクティビティ」を選択し、そこでストーリーコメントを含むアクティビティを閲覧できます。ただし、ストーリーは通常24時間後に自動的に削除されるため、コメントが残っているかどうかはストーリーの公開期間に依存します。