結論としては、今からB部署のフォームから改めて応募する必要はありません。A部署経由で併願希望を明記している時点で、意思は十分伝わっています。
企業側は応募情報を共有していることが多く、二重応募は管理上やや煩雑に映る可能性があります。遅れて再応募する方が印象面のリスクは高いです。
併願で片方のフォームのみ、という点も問題になりません。志望動機を整理して書いている方が、むしろ一貫性があると見られます。
不安なら、連絡が来た段階で改めて両部署に関心がある旨を伝えれば十分です。今は待つのが最善です。
迷った末に取らなかった行動が、結果的に最良の選択になることもあります。