＞年末調整を自分でやって
ってことは、
源泉税との精算～還付金戻し（又は不足金の追加徴収）や、税務署や市町村への報告、まで、質問者さんがやっているってことですか？
あなたが記載した各種申告書の記載内容で、会社が把握している情報と比較して間違っていることに気づけば、差し戻しをされるでしょう。
間違っていることに気づかなければ、あるいは、そもそも会社が把握していない情報に関していて間違っていれば、間違ったまま、年末調整を完了し、法定調書の作成提出に移行して、
しばらくして、市町村や税務署から、あなたの方にお知らせ等が来るでしょう。
