元採用担当のおぢさんです。回答が付かないので、想うところだけ書きます。活字なので、もし厳しい感じがしたらごめんなさい。そして、正直なところ、書かれていることだけでは何もわかりません。かなり推測交じりの回答です。
なぜ社会保険加入条件の話が出ているのかですが、社会保険（健康保険・厚生年金）は、雇用契約があることと所定労働時間・日数が基準を満たすことが条件です。ただし、休職中でも雇用契約が継続していれば、通常は資格を維持します。会社が「条件を満たさない」と言ってきた場合には、「契約が短時間勤務に変更される可能性」「長期休職で実質的に勤務実態がないと判断されている」などが考えられます。
というか、最初の時点での雇用契約の内容（雇用契約書または労働条件通知書）が分かりませんから、それを読み直されてはどうかと考えます。できれば、休職についても制度・規定があるのか無いのかも調べましょう。そのうえで、次のように質問しましょう。
「社会保険加入条件を満たさないという点について、具体的にどの条件を指しているのか教えていただけますか？ 現在は診断書に基づき休職中ですが、雇用契約は継続している認識です。契約条件の見直しについても、どのような選択肢があるのか詳しく教えていただけますか？」
\u0026gt;体調が落ち着かないなら、療養するか、契約条件を見直すかとか言われている
ここの意味ですが、「療養する」＝休職を続ける（ただし、会社は雇用継続に難色を示している可能性あり）。「契約条件を見直す」＝勤務時間や雇用形態を変更する（パートや短時間勤務など）ということになります。
そのうえで、あなたに不利な契約変更がなされようとしているのであれば、それを受け入れざるをえないのか、戦えるのかを具体的に労基などで相談されてはどうかと考えます。ここでは、個人情報を書くことができないでしょうから。
