教えて下さい。適格合併で、被合併法人に移転できない資産はありますか？合併に向けて、資産を整理したいと考えているのですが。例えば、不動産は移転できない、合併前に現金化もしくは被合併法人と売買しておかないといけない。あるいは、しておくと合併の手続きがクリアになる。投資有価証券は、名義変更が複雑だから、合併前に解約しておいた方が良い など。どうかよろしくお願いいたします。

全部。被合併法人は合併したら消滅するので。

まあ、合併法人と間違ってるんだろうけど、合併による資産移転はいわば法人の融合なので、被合併法人の資産負債はすべてそのまま継承されます。移転できない資産などというものがあるのなら合併ではなく事業譲渡（営業譲渡）でしょう。
なお、合併契約時の合併貸借対照表に載ったものが基本的にそのまま全部継承されるので（修正はあり得る）、合併契約前に処分したものについては対象になりません。
質問の「例えば」以降に書いてあることは、そもそも状況次第、会社次第であって、どうあるべきか自体が合併戦略ですから、部外者が口出しすることではありません。