こんばんは
質問者さんの認識（EUの中にECが残っていた／取り込まれた）が歴史的・法的には完全に正しいです。
しかし、受験や一般的な用語解説においては「ECがEUになった」という表現が「組織の質的・規模的な進化」を指す略称として定着してしまっています。混乱を避けるため、以下の3つのポイントに整理して理解を深めてください。
1. 1993年〜2009年の構造（3つの柱）
1993年のマーストリヒト条約発効により、EU（欧州連合）という大きな「屋根」ができました。
この屋根の下には、以下の「3つの柱」がありました。
第1の柱＝EC（欧州共同体） ← ここに従来のECがそのまま残っていました。
第2の柱＝ 共通外交・安全保障政策
第3の柱＝ 警察・刑事司法協力
つまり、2009年にリスボン条約が発効するまでは、EUという大きな枠組みの中に、経済部門を担う実体としてのECが併存していたのです。
質問者さんの「取り込まれた」という認識はこの状態を正確に捉えています。
2. なぜ「ECがEUになった」と言われるのか？
教科書や問題集でこの表現が使われる理由は、主に以下の2点です。
①マーストリヒト条約によって、経済中心の「共同体」から、政治・外交も含む広範な「連合」へと、欧州統合のステージが一段階上がったことを象徴的に表現するためです。
②実際には3本の柱がありましたが、実質的な権限や予算のほとんどは「第1の柱（EC）」が握っていました。
そのため、便宜上「EC＝EUの本体」とみなされ、名称変更のように扱われることが多いのです。
3. 受験対策としての考え方
試験で「マーストリヒト条約でECはEUになった」という記述が出た場合、それは「○（正解）」として処理せざるを得ません。
これは「ECという組織が消滅した」という意味ではなく、「欧州統合の枠組みがEUという名称に統合・発展した」という意味で問われているからです。
但し、以下の点には注意してください。
・2009年のリスボン条約
この時、ついに「EC」という法的な枠組み自体が消滅し、すべての権限が「EU」に完全に一本化されました。
もし問題が「1993年にECは消滅し、EUに置き換わった」という表現であれば、あなたの認識通り、厳密には「×（誤り）」となります（消滅したのは2009年であるため）。
まとめ
・学問的な正確さ
1993年以降もECはEUの内部に存続していた（2009年まで）。
・受験・一般常識
1993年のマーストリヒト条約を境に、呼び名をEUに変える。
試験では「1993年＝EU誕生（ECからの発展的解消のスタート）」という大きな流れで捉えておけば間違いありません。
自信を持ってそのままの理解を保ちつつ、設問の意図を汲み取ってください。
