9月に第一子を出産し、その時に夫が働いていなかった為子どもを私の扶養にする手続きを10月に行い、11月末に手続き完了してマイナンバーの紐付けもしました。夫が11月から新しい会社で仕事をし始めたんですが、私が里帰り出産だった為12月に戻ってきました。先程夫の会社から娘の健康保険資格確認書が郵送されてきて聞いてみたら入社の際に扶養の書類を書いてしまったかもと言うことでした。このタイミングなので年明けにしか会社に報告できないんですが、マイナンバーは私の扶養のままなんですが、今どっちの扶養に娘は入っているのでしょうか？そしてこれからどのようにしたらいいんでしょうか。

おそらく、娘さんは今、双方の健康保険に加入している状況です（健康保険組合と健康保険協会 又は 健康保険組合と健康保険組合）。たまにあります。

原則として年収の高い方にお子さんを扶養に入れるため、旦那さんの方が高いのであれば、旦那さん側での資格取得日に奥さん側の健康保険の扶養から削除する必要がありますし、奥さんの方が高いのであれば旦那さんの手続きを無かったことにする必要があります。もし奥さん側が手続きする場合は、旦那さん側の資格取得日を伝えると、手続きもスムーズかと思います。ただし、奥さん側の保険証を使っている場合は一旦返金等の面倒もあるので、旦那さん側に切り替えるにしても切り替え日を検討する必要はあるかと思います。