ソフトバンクオンラインショップで機種変しましたが即日iPhoneを無くしてしまいました。e SIMに先程自動切り替えされてしまい。古いiPhoneの物理 SIMが使えなくなってしまいました。どうすれば良いか教えてください。

誰かに電話をかけてもらったら鳴るかも？

同じApple IDなら古い iphoneをWi-Fiに繋いで「探す」アプリを開いて、デバイスを探すに出てくるかもしれません。

充電が切れてたら無理かな？

SIMに関しては、ソフトバンクの実店舗に身分証を持っていけば、物理SIMの形で再発行してもらえます。手数料はかかります。