圧倒的にキリスト教じゃないですか？
純日本人（日本生まれ、日本育ち）で洗礼を受けてキリスト教徒になった人は何人か知ってますけど、同じ条件でイスラム教徒の人は会ったことがありません。
私自身もキリスト教系の学校でした。ただ、洗礼は受けてませんが。そういうミッションスクールは既に日本に多くあれど、イスラム教の学校は聞いた事ないですからね。あと、キリスト教伝来してからの方が圧倒的に歴史が長いです。
特にカソリックですとマリア像を拝むのですが、それと観音様の存在が似ていて、昔の日本人には馴染みやすかったそうです。西洋絵画の名作もキリスト教の題材が多いですので、美術の側面からも概念が学びやすい。また、讃美歌で知られている歌もありますし、ビジュアル的にも音楽的にも入り込みやすいのがキリスト教です。また、クリスマスは国民的行事の一つですし、教会式で結婚式を挙げるカップルも多いですよね。
イスラム教は偶像礼拝を禁じ、アラビア語で書かれているコーランを読めないと本質的に意味がないとされ、アッラーの事を歌や絵にする事もNGな宗教なので、子供のころから日常文化として触れてないと中々馴染めない宗教です。なので、そういう土壌が無い日本では難しいと思います。また彼らの戒律は日本の文化風習的に馴染めないと思います。
インドネシアにイスラム教徒が多いのは、１０００年ほど前からイスラム商人が行商の拠点としてやって来ていたからで、歴史が長いんです。
