退職したことであとで後悔しないならいいですが、休んでもいいと言ってくださっているなら、今しんどい時には大きな決断はしない方が良いので、なにも気にせず職場のことは辞めたくらいの気持ちでそのままにしておいても、いいとは思いますよ。
傷病手当金を受け取りながら、保険料は払う必要がありますが、それでも問題ないなら、ひとまずやめるにしてもその後で大丈夫かなと思います。
復帰できないならその時ですし、異動や時短も考えられるかもしれませんよ。辞めるのはいつでもできるので、迷うなら辞めない方が確実におすすめです。