フォルダが新しく作られているのだと思いますよ。
Canonの場合だと、100CANONと言うフォルダに、IMG_0001からIMG_9999までのファイルが格納されます。これ以上撮影した場合は、101CANONという新しいフォルダが作られ、その中にIMG_0001から新たに画像ファイルが作られていきます。
このフォルダの切替は、カメラなら自動でやってくれますが、パソコンからだとフォルダの指定を自分で行わないとダメです。
カメラで見られると言うことから、データが壊れたわけでは無さそうなので、こう思いますよ。
フォルダ名とかファイル名は、メーカー毎に違ったりしますが、上記のような法則は、DCF規格というもので決まっているので、どのメーカーでも同じようなことが起こります。