基本的に、質問者の方が書かれている 「特進科」 は 「指定校推薦」は使えません
「特進科」は一般入試で難関大学に受かる学力を付ける為に、教育環境や学費面でも優遇される事が多いので、特別に優遇して教育された「特進科」の人を、校内選考のみで決める指定校推薦に入れるのはアンフェアとなります
指定校推薦を使いたい場合は、普通科や普通の進学コースを選択し、定期テストで高得点と取って、休まず通って内申点を高めれば大丈夫です
質問の 特進科のAさん、普通科のBさんの成績が同じで、同じ大学を志願した場合、ワンランク上のAさんが指定校を取るのでしょうか？ については、多くの高校ではBさんが指定校推薦を取ります
Bさんが得なように思えるかもしれませんが、指定校推薦は専願入試になり、指定校推薦で決まった大学に、あとになって行きたくなくなっても、絶対に進学しなくてはいけないペナルティを受けます（結婚で言えば政略結婚）
しかも経営学部に行きたいものの、指定校推薦枠に経済学部しか無ければ、妥協するしかありません（電子工学に行きたいけど電気工学で妥協など）
一方、Aさんは一般入試で国公私立、多くの大学を受験して、多数の大学学部に合格できれば、受かった中から好きな大学に進学ができます（結婚で言えば自由恋愛での結婚）
選択肢の自由があるのはAさん、選択肢の自由が無いのがBさんです
政治体制でも、独裁国家と自由民主主義国家がありますが、Bさんはどんなに嫌でも指定校推薦に進学しなければいけませんので、良い教育を受けられる「特進科」で一般入試で受かる方が、個人的には学力に応じて好きな進路を選べて良いと思います
