私傷病による休職の場合、出勤に含めない場合が多いでしょう。
一方、業務上発生した傷病で休職した場合は、勤務扱いとしてカウントしなければなりません。
労働基準法第39条
⑩ 労働者が業務上負傷し、又は疾病にかかり療養のために休業した期間及び育児休業、介護休業等育児又は家族介護を行う労働者の福祉に関する法律第二条第一号に規定する育児休業又は同条第二号に規定する介護休業をした期間並びに産前産後の女性が第六十五条の規定によつて休業した期間は、第一項及び第二項の規定の適用については、これを出勤したものとみなす。
出典:e-Govポータル (https://www.e-gov.go.jp)