Switchのアカウント(セーブデータ)をSwitch2に移行したいのですが、My Nintendo Storeで購入した商品も移行することができるのでしょうか？また、Switchに登録しているアカウントが2つある場合は1つだけ移行することが可能でしょうか？

購入した商品(ソフト等)はすべてアカウントに紐づいています。
なので、同じアカウントを移行すれば商品も一緒に移行されます。

1つだけ移行は以下を行ってください。
・SwitchからSwitchの場合→ユーザーの引越し
https://support-jp.nintendo.com/app/answers/detail/a_id/37694

・SwitchからSwitch2の場合→セーブデータの引越し
https://support-jp.nintendo.com/app/answers/detail/a_id/36677/