紫の矢印の通りに行けばjr中央線快速(1番線)から丸ノ内線の2番線に行けますか？

そうですね。それでいいです。

できるだけ後ろの車両だと楽です。

案内表示もあり、2、3分あれば移動できる距離なので、あまり身構えなくていいと思います。