私の考えではシステム(OSとアプリ)はバックアップする必要が無いです。
なのでデータはCドライブで使い、そのバックアップがDドライブというのが良いかと。
OSとアプリは再インストールができますからその都度最新を用意すれば良いだけです。OSとアプリの設定は残りませんが再設定しても知れているかと。
それとシステムバックアップは一部だけ復元できると言っても他との整合性がとれず意味が無かったりしますので、単純コピーでのバックアップが一番使いやすいです。
あなたの方法ではDドライブにデータが一つしかありません。バックアップは別媒体に二重保存するからバックアップです。なので意味がありません。
別媒体は同時に壊れる可能性が低いという確率論でバックアップするのが基本です。