つい最近の質問で、質問者さんと同じようなケースがありました。
yahoo.co.jp/qa/question_detail/q11326997051">https://detail.chiebukuro.yahoo.co.jp/qa/question_detail/q11326997051
このかたはCBPに問い合わせた結果、有効な申請があっても、新たに申請を開始すると既存のESTAはキャンセルされるという回答だったそうです。このかたも支払いも提出もしていない状況だったので、まさに質問者さんと同じ状況です。
このことから考えると、そのまま新たな申請を進めたほうがいいと判断しますが、どうでしょう?
CBPに問い合わせすることは可能ですが、その返事を待ってからだとかなりギリギリになるのではないでしょうか。
私だったら申請をそのまま進めますが、費用にかかわることなので最終判断はご自身でお願いします。