ふるさと納税について質問です。個人事業主の場合も控除できる金額は所得でなく収入で決まるという認識で合っていますでしょうか。

2000円の自己負担でふるさと納税できる範囲は所得金額を元に行います。

給与所得者の場合は給与収入から機械的に給与所得が割り出せるのでシミュレーションでは給与収入を入力させているだけです。