あくまで「私の場合」の所感は↓です
シラス:基本攻撃力アップ>移動速度アップ>超生命体特攻>基本体力アップ>生産スピードアップ
かさじぞう:呪い無効>毒撃無効>基本攻撃力アップ>基本体力アップ=烈波耐性
以上です
シラスはロマン砲が存在意義なので、火力に直結する所の本能は優先度が高いかなと思うのと、それ以外についても育成してあると便利なので、優先度はつけましたが、シラス使いであれば、全て上げた方がいいと思います
プレイスキルに自身があるタイプなら、移速アップと生産スピードアップは優先度低めでもいいと感じます
かさじぞうについては、将来本能玉で烈波耐性Sを装備すれば無効に出来るので、そこが視野にある場合には優先度が高まるかなと思います