洋服の青山のポイントが付与されたのですが、これは店頭に行ってVポイントのアプリ(バーコード)を店員に読み込んでもらった後ポイントで支払うことを伝えればいいのでしょうか？また1000円未満の会計であれば差額分はどうなりますか？

おっしゃる通り店頭でアプリ(バーコード)を読み込んだ後伝えれば良いです。

ポイント数も指定できます。

質問画像の1,000pt(ストア限定)未満の価格の場合はptが残るだけですので期限内なら残りのptも使えます(ストア限定と利用期限は変わりません)