新幹線から在来線へ乗り換える時に分からないことがあって、北陸新幹線で自由席で敦賀まで行ってサンダーバードで大阪に行くんですが、富山発のつるぎ11時40分の電車に乗り13時14分のサンダーバードに乗ろうと思ってるんですが、、もし11時40分の富山の新幹線が乗れなくて指定席の13時14分のサンダーバードが乗れなかったらどうすればいいんでしょうか？そしたら次の14時14分のサンダーバードって乗れますかね？12時41分の富山から敦賀の新幹線に乗り敦賀駅の精算所で駅員さんに聞けばいいと思うんですが人がいっぱいだったら、、、ちょっと説明下手ですいません。

まず確認したいのは、購入された特急券がどのようになっているかということ。

富山からサンダーバード下車駅までがセットになった特急券を購入している場合、基本的には乗り遅れるとサンダーバードの時刻変更もできなくなります。ただ、新幹線部分が自由席(＝時刻が決まっていない)ということなので、改札を通る前なら窓口で変更を認めてもらえたという例も過去には聞いたことがあります。
変更はできない、と言われた場合は敦賀から乗ることになるサンダーバードは「立乗り」となります。空いている座席の利用を希望する場合は、車掌に申し出て追加の支払いが必要です。

新幹線とサンダーバードの特急券が完全に独立している場合(とはいえこれは本来の買い方ではなく、金額的には損)、富山時点でサンダーバードを後続便に変更することが可能です。