高校三年生です。信大への入寮申請を考えているのですが、条件の通学時間帯に利用できる交通機関の運行本数が1時間当たり1本以下というのは乗り換え等はどうカウントされるんでしょうか大抵の人が電車一本、バス一本で着くという訳では無いですよね？

信州大学に直接聞くべきだと思いますが、質問で書かれている通りなら、乗り換えがある場合は、その全てについて、どれか一つでも１時間に1本しかなければ、条件に該当するように読めます。電車とバスを使うなら、どちらか一方でも１時間に１本なら良さそうです。